Αρχικά ορίζεται ο αριθμός των εμβρύων που εξετάζονται και η χοριονικότητά τους (ο αριθμός των εμβρυικών σάκων και των πλακούντων), εφόσον πρόκειται για πολύδυμη κύηση. Στην συνεχεία, υπολογίζεται η εβδομάδα κύησης βάσει του κεφαλοουριαίου μήκους του εμβρύου.

Επίσης, περιλαμβάνεται μια λεπτομερής ανατομική εξέταση των οργάνων του εμβρύου όπως είναι το κρανίο, ο εγκέφαλος, τα άνω και κάτω άκρα, η καρδιακή λειτουργία, ο στόμαχος, η ουροδόχος κύστη, η σπονδυλική στήλη, το πρόσθιο κοιλιακό τοίχωμα και η αγγείωση του ομφάλιου λώρου και ορίζεται η θέση του πλακούντα.

Με τον έλεγχο της αυχενικής διαφάνειας (μέτρηση του αυχένα του εμβρύου) και του ρινικού οστού, εκτιμάται η πιθανότητα που έχει το έμβρυο να πάσχει από το σύνδρομο Down ή τις τρισωμίες 18 και 13. Ο προσδιορισμός αυξημένου κινδύνου γίνεται με τον επιπλέον έλεγχο της αιματικής ροής του φλεβώδους πόρου και την ανεπάρκεια στην τριγλωχίνα βαλβίδα της καρδιάς.