Η αυξημένη αυχενική διαφάνεια σχετίζεται με εμβρυϊκές διαμαρτίες και εμβρυϊκό θάνατο. Ωστόσο, η πλειονότητα των εμβρύων επιζούν και αναπτύσσονται φυσιολογικά.

Η ύπαρξης της αυξάνει τον κίνδυνο για συγκεκριμένες παθήσεις των εμβρύων, όπως χρωμοσωμικές ανωμαλίες, δομικές ανωμαλίες (με πιο συχνές τις συγγενείς καρδιοπάθειες), γενετικά σύνδρομα και περιγεννητικές λοιμώξεις.